Disse særlige beføjelser afspejles af den særlige kontrol, der føres.

Folketinget har et særligt udvalg (Folketingets Udvalg vedrørende Efterretningstjenesterne), der alene beskæftiger sig med FE og Politiets Efterretningstjeneste (PET). Det uafhængige kontrolorgan (Tilsynet med Efterretningstjenesterne) fører udelukkende kontrol med PET og FE, herunder CFCS.

Udover at være underlagt kontrol af Tilsynet med Efterretningstjenesterne og parlamentarisk kontrol af Folketingets Udvalg vedrørende Efterretningstjenesterne er FE underlagt en række andre kontrolinstanser. Forsvarsministeren varetager på regeringens vegne den overordnede kontrol med FE. Rigsrevisionen foretager bevillingsmæssig kontrol af FE. Desuden er FE underlagt kontrol af Folketingets Ombudsmand og domstolene.

Tilsynet med Efterretningstjenesterne
Tilsynet med Efterretningstjenesterne er et uafhængigt kontrolorgan, der siden 2014 har ført kontrol med PET og FE, herunder CFCS.

Tilsynet fører kontrol med FE’s behandling af oplysninger om i Danmark hjemmehørende fysiske og juridiske personer som led i FE’s opgaver. Tilsynet fører ligeledes tilsyn med CFCS’ behandling af personoplysninger.

Udover at føre tilsyn med FE's behandling af oplysninger, skal tilsynet også på baggrund af anmodninger fra i Danmark hjemmehørende fysiske eller juridiske personer undersøge, om FE uberettiget behandler oplysninger om den pågældende.

Tilsynet afgiver årligt redegørelser om sit tilsyn til henholdsvis justits- og forsvarsministeren, som derefter forelægger redegørelserne for Folketingets Udvalg vedrørende Efterretningstjenesterne.

Læs mere på tilsynets hjemmeside, hvor bl.a. tilsynets årlige redegørelser er offentliggjort.

Udvalget vedrørende Efterretningstjenesterne
Fra Folketingets side er den politiske kontrol med FE suppleret med et særligt udvalg – Udvalget vedrørende Efterretningstjenesterne (i det daglige betegnet Kontroludvalget) – der blev etableret i 1988 med det formål at have indseende med FE og PET.

Regeringen skal holde udvalget orienteret om væsentlige omstændigheder af sikkerhedsmæssig karakter eller udenrigspolitiske spørgsmål, som er af betydning for efterretningstjenesternes virksomhed.

Udvalget skal endvidere orienteres forud for udstedelse af retningslinjer for efterretningstjenesternes virksomhed.

Hvis en henstilling fra Tilsynet med Efterretningstjenesterne til FE eller PET ikke følges, underretter regeringen udvalget.

Udvalget består af fem folketingsmedlemmer, som udpeges af de folketingspartier, der har en plads i Folketingets Præsidium. Udvalget vælger selv sin formand. Medlemmerne har tavshedspligt ift., hvad de erfarer i udvalget.