Den Militære Sikkerhedstjeneste har til formål at beskytte forsvaret imod spionage, sabotage, terrorisme og andre former for kriminalitet. Beskyttelsen omfatter ikke alene forsvarets enheder og installationer i Danmark, men også forsvarets styrker og observatører i udlandet. Trusselssituationen overvåges løbende af FE, således at der rettidigt kan iværksættes passende modforholdsregler.

Den Militære Sikkerhedstjeneste er opdelt i to hovedområder:
   •  Sikkerhedsefterretningstjeneste.
   •  Forebyggende sikkerhedstjeneste.

Forsvarets Sikkerhedsbestemmelser er beskrevet i Forsvarskommandobestemmelse 358-1.

Bestemmelsen er gældende for hele forsvarsministeriets koncernområde og for civile virksomheder, der udfører klassificeret arbejde for koncernen. Det er Forsvarets Efterretningstjeneste, der på Forsvarschefens vegne udarbejder og vedligeholder de militære sikkerhedsbestemmelser.