• Ledelsessekretariat for CH/FE.
• Intern og ekstern kommunikation, herunder pressekontakt.
• Politisk og juridisk rådgivning.
• Policymæssige, strategiske og tværgående opgaver.

Administrationsafdelingens hovedopgaver

• Interne styrings- og administrationsopgaver indenfor økonomi og personale samt bygnings- og serviceområdet.

Teknisk Sektors hovedopgaver

Teknisk Sektor er organiseret i fire afdelinger samt et ledelsessekretariat.

• 1. Afdeling gennemfører den elektroniske indhentning – SIGNALS INTELLIGENCE (SIGINT) og kryptologi.
• 2. Afdeling bearbejder de indhentede data, således at de kan anvendes i Operations- og Analysesektoren. Denne afdeling har også ansvaret for åbne kilder – OPEN SOURCE INTELLIGENCE (OSINT).
• 3. Afdeling planlægger, projekterer og anskaffer tjenestens teknologi – herunder it.
• 4. Afdeling har ansvaret for driften af tjenestens teknologi. 

Fysisk Indhentnings hovedopgaver

• HUMINT (HUMAN INTELLIGENCE, dvs. fysisk indhentning ved hjælp af personkilder).
• Koordination af samarbejdet med udenlandske partnere.

Operations- og Analysesektorens hovedopgaver

Operations- og Analysesektoren er organiseret i tre analyseafdelinger, der samlet varetager bearbejdning og formidling af oplysninger om forhold i udlandet af betydning for Danmarks sikkerhed, herunder for danske enheder mv. i udlandet.

Sektoren varsler om politiske, økonomiske, militærstrategiske, militære, transnationale og sikkerhedsmæssige forhold (undtagen spionage) i udlandet med fokus på:

• Situationen og truslen – herunder terrortruslen - i lande og regioner med udsendte danske styrker og observatører.
• Kriseområder af betydning for Danmarks sikkerhed herunder mulige kommende operationsområder.
• Terrornetværk i udlandet, som truer vestlige og allierede mål og interesser i udlandet.
• Terrornetværk i udlandet, som truer Danmark, og terrortruslen mod forsvaret i Danmark (i samarbejde med Politiets Efterretningstjeneste, herunder Center for Terroranalyse).
• Spredning af masseødelæggelsesvåben.
• Den strategiske udvikling.

Militær Sikkerhedsafdelings opgaver

Den Militære Sikkerhedsafdeling leder og kontrollerer på forsvarschefens vegne den militære sikkerhedstjeneste inden for forsvaret samt ved øvrige institutioner mv. under Forsvarsministeriet. Hertil kommer sikkerhedstjeneste i relation til private virksomheders arbejde på forsvars­området.

Den militære sikkerhedstjeneste identificerer de trusler, der rettes mod personer, materiel, informationer, informatiksystemer, operationer og etablissementer inden for Forsvarsministeriets koncernområde såvel nationalt som internationalt. Risikoanalyser vurderer karakteren og omfanget af identificerede trusler med henblik på at fastsætte afbalancerede beskyttelsesforanstaltninger.