FE er underlagt forsvarsministeren, og virker direkte under ansvar over for denne. Forsvarsministeren udsteder bestemmelser for tjenestens virksomhed og varetager på regeringens vegne den overordnede kontrol med tjenesten. FE holder løbende forsvarsministeren underrettet om tjenestens virksomhed, herunder om samarbejdet med udenlandske partnere.