FE’s rødder rækker langt ned i den militære efterretningssituation forud for og under Danmarks besættelse under Den Anden Verdenskrig.
Den militære efterretningstjeneste var ved krigens udbrud delt mellem ”Generalstabens Efterretningssektion” og ”Marinestabens Efterretningssektion”. Personel fra disse to efterretningssektioner flygtede til Sverige allerede ved besættelsen, og fra den 29. august 1943, hvor samarbejdspolitikken brød endeligt sammen, oprettedes et efterretningselement i tilknytning til den danske ambassade i Stockholm.
Ved krigens afslutning blev personellet fra Stockholm ført tilbage til hæren og søværnet.
Udover efterretningselementet i Stockholm under krigen var der også danskere i London, der interesserede sig for den danske efterretningstjenestes opbygning efter 2. Verdenskrig. Blandt dem var direktør Ole Lippmann, der sammen med de militære chefer indså nødvendigheden af, at en militær efterretningstjeneste også burde indeholde et element der beskæftigede sig med analyser af politiske og økonomiske forhold i udlandet.
NATO kom til i 1949. Det førte i Danmark til oprettelse af Forsvarsstaben den 1. oktober 1950. Generalstabens og Marinestabens Efterretningssektioner blev samlet i Forsvarsstabens Efterretningsafdeling. Efterretningsvirksomheden blev herved værnsfælles, men indgik i Forsvarsstaben og var således ikke en selvstændig myndighed.
Opgaverne blev udvidet og tilpasset landets nye situation som medlem af en alliance. Det indebar samtidig nye opgaver og deraf afledte indhentningsopgaver i udlandet.
Ved kapitulationen i 1945 havde tyskerne efterladt sine anlæg til aflytning og pejling af allieret radiokommunikation. Med dette materiel som grundlag blev Søværnets Radiotjeneste i 1948 oprettet i en villa på Strandvejen. Tjenesten blev udbygget under Marinestabens Efterretningssektion. Ved sammenlægningen i Forsvarsstaben kom Søværnets Radiotjeneste under operativ ledelse af samme stab.
Den tekniske udvikling og væksten i opgaver gjorde efterhånden ”Villaen” for lille, og det førte i 1957 til udflytning til Sydamager. Samtidig blev betegnelsen Forsvarets Centralradio indført.
Opgaverne under den kolde krig var mange. Man behøver blot at nævne begivenhederne i Berlin 1953, Ungarn 1956 og ikke mindst Cuba-krisen 1962, hvor den danske efterretningstjeneste var forrest med efterretninger om Sovjetunionens tilbageførsel af missiler til hjemlandet frem for en fortsat deployering til Cuba. Tilsvarende bidrog tjenesten med værdifulde oplysninger omkring Warszawa-pagtens indsættelse i Tjekkoslovakiet i 1968 og den polske undtagelsestilstand i 1981. De nævnte begivenheder var højdepunkter i en dagligdag, der søgte at følge den politisk sprængfarlige udvikling i et højtmilitariseret område, som vort nærområde var.
Den 1. oktober 1967 blev Forsvarsstabens Efterretningsafdeling efter forsvarsministerens bestemmelse udskilt fra Forsvarsstaben. Den nye myndighed, FE, blev selvstændig og underlagt Forsvarsministeren direkte. Det har FE været siden.
Forsvarets Centralradio blev fra 1971 underlagt FE. FE blev i 1978 – ligesom PET tidligere var blevet det – omfattet af det såkaldte ”Wamberg-udvalgs” kontrolvirksomhed med personregistrering.
I maj 1979 fik FE en ny opgave, nemlig at tilvejebringe oplysninger om situationen i lande eller områder, hvori danske FN-enheder er indsat eller kan forventes indsat.
Hermed var startskuddet givet til de opgaver, der nu også i de sidste mange år har optaget mange af FE’s ressourcer. Denne opgave omfatter på den ene side bidrag til at yde vore udsendte styrker størst mulig sikkerhed og på den anden side den overordnede opgave, at tjenesten nu også skulle være krisestyringsværktøj for landets politiske ledelse.
Dette måtte naturligt føre til både organisatoriske og funktionelle tilpasninger. Resultatet blev bl.a. integration af Centralradioen i Tjenesten fra 1. marts 1983.
Samtidig blev et udviklingsarbejde sat i gang med tilpasning af FE til den ny tid, herunder omfattende justeringer affødt af NATO ændrede rolle i en ny europæisk sikkerhedssituation. Men FE’s arbejde kom i højere grad under indflydelse af udviklingen i det tidligere Jugoslavien og udsendelse af danske militære og politistyrker hertil.
FE’s opgaver og organisation har siden 1990’erne været analyseret i flere omgange, og FE er løbende blevet tilpasset i lyset af den sikkerhedspolitiske udvikling.
Efter terrorangrebene i USA i 2001 blev det således besluttet at forøge den efterretningsmæssige indsats mod terrorisme, bl.a. gennem en forøgelse af den elektroniske indhentningskapacitet.
I forlængelse heraf fik FE i forbindelse med forsvarsforliget i 2004 tildelt yderligere ressourcer, som blev brugt til styrkelse af tjenestens indhentnings- og bearbejdningskapacitet på prioriterede områder.
Regeringen nedsatte den 25. august 2005 en arbejdsgruppe med henblik på at foretage en samlet gennemgang af det danske samfunds beredskab og indsats mod terrorhandlinger for at afklare, hvilke yderligere initiativer der eventuelt måtte være behov for med henblik på i videst muligt omfang at modvirke terrorangreb i Danmark. Arbejdsgruppen bestod af repræsentanter fra Statsministeriet (formand), Udenrigsministeriet, Forsvarsministeriet, Justitsministeriet og Ministeriet for Flygtninge, Indvandrere og Integration samt Politiets Efterretningstjeneste og Forsvarets Efterretningstjeneste.
Arbejdsgruppen fremkom med 49 anbefalinger, der efterfølgende indgik i ”Regeringens handlingsplan for terrorbekæmpelse”, som blev fremlagt den 16. november 2005 og indeholder regeringens initiativer med henblik på at styrke det danske samfunds indsats og beredskab mod terror.
I forlængelse af anbefalingerne i "Regeringens handlingsplan for terrorbekæmpelse” blev det i november 2005 besluttet, at der skulle gennemføres en benchmarking af PET og FE. Formålet med benchmarkingen var at vurdere kvaliteten og relevansen af efterretningstjenesternes virksomhed, herunder rapportering, ressourceanvendelse, organisation og snitflader til andre myndigheder. Undersøgelserne skulle tage udgangspunkt i tilsvarende forhold i sammenlignelige lande, i det omfang sådanne oplysninger var tilgængelige.
Benchmarkingen af FE blev gennemført af den uafhængige ekspert Sir Kevin Tebbit, der har været embedsmand i det britiske forsvars- og udenrigsministerium i en meget lang årrække, herunder beklædt diverse topposter.
Benchmarkerens rapport blev fremlagt i april 2006 og består af en klassificeret og en ikke klassificeret del. Af rapporten kan udledes:
• At Danmark ”gets value for money”.
• At der gøres en stor indsats med relativt begrænsede
ressourcer.
• At der udvises en professionalisme, som måske ikke altid
anerkendes.
• At FE vurderes at være en af de europæiske tjenester, der
effektivt håndterer tidens udfordringer, herunder udvikler
den nødvendige fleksibilitet og teknologi.
Rapporten indeholdt endvidere en række anbefalinger til optimering af FE virke som FE er i færd med at implementere.
FE udgør således i dag en moderne og effektiv efterretningstjeneste under stadig udvikling og tilpasning.